Die 2-jährigen Kooperationsklassen (Klasse 9 und 10) sind sowohl an der Waldtor-Schule als auch an zwei Beruflichen Schulen (Gewerbliche Schule und Justus-von-Liebig-Schule Waldshut) verortet. Nach Klasse 10 ist eine Prüfung im VAB (Vorqualifizierungsjahr Arbeit und Beruf) möglich. Diese ist einem Hauptschulabschluss gleichgestellt.
Klasse 9 (Koop-Klasse F1)
Das 9. Schuljahr ist an 4 Tagen in der Woche an der Waldtor-Schule verortet. An einem Tag in der Woche (Donnerstag) sind die SchülerInnen an den Beruflichen Schulen.
Klasse 10 (Koop-Klasse F2)
Das 10. Schuljahr ist komplett an einer der Beruflichen Schulen verortet.