Die 2-jährigen Kooperationsklassen (Klasse 9 und 10) sind sowohl an der Waldtor-Schule als auch an zwei Beruflichen Schulen (Gewerbliche Schule und Justus-von-Liebig-Schule Waldshut) verortet. Nach Klasse 10 ist eine Prüfung im VAB (Vorqualifizierungsjahr Arbeit und Beruf) möglich. Mit einer optionalen Zusatzprüfung kann der VAB-Abschluss einem Hauptschulabschluss gleichgestellt werden.